Im April 1990 trat er nach verpasster WM-Qualifikation als Nationaltrainer zurück. Sein Nachfolger Richard Møller Nielsen führte Dänemark 1992 überraschend zum EM-Titel. Später arbeitete Piontek noch als Nationaltrainer in der Türkei und auf Grönland. Seinen Lebensabend verbrachte er in Dänemark, zuletzt auf der Insel Fünen.
DBU-Fußballdirektor Peter Møller würdigte den Verstorbenen in einer Mitteilung: „Sepp Piontek hat maßgeblich dazu beigetragen, die Grundlage für die Kultur, Professionalität und das Selbstvertrauen zu schaffen, die den dänischen Fußball seither prägen.“ Piontek bleibe „für immer einer der einflussreichsten Nationaltrainer“ der dänischen Geschichte, sagte Møller.
