Die Häufigkeit von Hantavirus-Infektionen schwankt in Deutschland stark. Sie hängt vor allem davon ab, wie viele Rötel- und Brandmäuse es im jeweiligen Jahr gibt und wie viele Tiere das Virus in sich tragen. Indirekt ist sie also daran gekoppelt, wie gut die Nahrungssituation der Mäuse und somit deren Vermehrungsrate ist. So gab es etwa im Jahr 2006 nur 72 Erkrankungsfälle, im Jahr 2012 hingegen 2.825 Fälle.
Ob und wie oft es in Deutschland nach einer Hantavirus-Infektion zu Langzeitfolgen kommt, ist bislang wenig untersucht. Vereinzelt kann sich nach einer durchgemachten Erkrankung möglicherweise ein Bluthochdruck entwickeln. Auch eine vermehrte Eiweißausscheidung über den Urin (Proteinurie) kann sich unter Umständen als Folge einstellen. Bisherige Ergebnisse einer Langzeitstudie deuten jedoch darauf hin, dass solche Langzeitfolgen nur selten auftreten und die Erkrankung meist folgenlos ausheilt.
